В 1987-1990 годах директором школы была МАРТЫНОВА Валентина Петровна. Все начинания легли на её молодые плечи. Валентина Петровна была и прекрасным учителем: её выпускники поступали в лучшие вузы России. Со своими учениками она ежегодно участвовала в олимпиадах. В один год 7 её учеников заняли призовые места в городской олимпиаде по математике.

В 1996 году была награждена нагрудным знаком «Отличник народного просвещения Российской Федерации», после чего получила звание «Ветеран труда». В 2006 году Валентине Петровне присвоено почетное звание «Заслуженный учитель Чувашской Республики».

17 января  1990 года коллектив школы №6 возглавил ФЕДОРОВ Владимир Александрович.

Он родился 15 марта 1957 года в селе Ахматово Алатырского района Чувашской Республики. После окончания Ахматовской средней школы в 1974 году поступил в Чувашский  государственный  педагогический  институт  имени И.Я. Яковлева.

В 1979 году начал трудовую деятельность в Стемасской средней школе учителем физики, проработав в ней до 1984 года.

С 1984 по 1989 год Федоров В.А. работал секретарем комитета комсомола Алатырского района. Около года работал учителем в вечерней школе, а в 1990 году был выбран на должность директора школы №6. 

В 1992  году школе был присвоен статус гимназии.

Под руководством Владимира Александровича в гимназии разрабатывались и внедрялись новые педагогические технологии при обучении и воспитании учащихся. В 2000 году Гимназия стала победителем Республиканского конкурса «Школа года».

В 2005 году Федоров В.А. был награжден Почетной грамотой Министерства образования и науки Российской Федерации.

В 2006 году в рамках Приоритетного национального проекта «Образование»  гимназия получила Грант Президента ЧР, а в 2007 году – стала победителем Всероссийского конкурсного отбора среди учреждений образования, внедряющих инновационные технологии, а также была включена в проект «Лучшие гимназии России».В 2009 году гимназия стала лауреатом Республиканского конкурса «Образовательная инициатива» в номинации «Точки роста современного педагогического коллектива», получила грант на реализацию проекта «Обучая, обучаюсь сам».

По инициативе Владимира Александровича в 2008 году в гимназии открыт музей академика-кораблестроителя А.Н. Крылова. Постановлением главы города Алатыря образовательному учреждению присвоено  имя  прославленного земляка.

В 2011 году за победу в конкурсе «Православная инициатива» Всероссийского благотворительного фонда преподобного Серафима Саровского гимназия получила грант на реализацию проекта «Верный в малом, верен и в великом» для работы православного лагеря «Благовест».

Владимир Александрович создал в гимназии благоприятные условия для совершенствования педагогического мастерства учителей. Коллектив гимназии активно позиционирует свой опыт через участие в профессиональных конкурсах и фестивалях различного уровня.Федоров В.А. – инициатор создания в гимназии инновационной  системы воспитательной работы на основе духовно-нравственной программы «Социокультурные истоки». Положительным результатом внедрения этой системы работы стало вовлечение родителей в активное участие и реализацию воспитательных задач гимназии, в сохранение и укрепление духовно-нравственных категорий и ценностей.

Укрепление материально-технической базы и создание комфортных условий для обучения и работы являлись одним из приоритетных направлений в работе Владимира Александровича. За последние годы в гимназии произведен капитальный ремонт актового и спортивного залов, столовой, оборудован тренажерный зал, в учебные кабинеты закуплена новая современная мебель, установлено видеонаблюдение. Благодаря умению Владимира Александровича заинтересовать Попечительский совет гимназии проблемами учебно-воспитательного процесса удавалось ежегодно привлекать в образовательное учреждение внебюджетные средства на ее развитие.

Педагогический стаж Федорова В.А. составляет 43 года, из них гимназии он отдал 32.

В 2022 году директором гимназии назначена КОРОЛЕВА Ирина Николаевна.